Minicurso - Uso e Customização de Pipelines nf-core

Lesson overview 📚

Licença	Creative Commons Attribution Share Alike 4.0 International License
Público-alvo	Alunos de graduação e pós-graduação, pesquisadores e profissionais de bioinformática.
Nível	Iniciante/Intermediário
Tempo estimado	300 minutos (5 horas)
Material do curso	https://dalmolingroup.github.io/nextflow_training/

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📖 Descrição do Curso

Este repositório contém o material do minicurso "Uso e Customização de Pipelines nf-core". O objetivo é capacitar quem trabalha com bioinformática a executar, configurar e customizar pipelines nf-core existentes — a demanda mais comum no dia-a-dia de quem processa dados ômicos.

O curso é baseado no material oficial da Nextflow Training, adaptado e condensado para 5 horas com foco em customização (não em desenvolvimento).

O curso cobre as seguintes etapas essenciais:

1. Fundamentos do Nextflow: Estrutura de um pipeline (processos, canais, workflow, módulos), execução, inspeção de logs (.command.*), -resume e ciclo de vida de execuções.
2. Configuração: nextflow.config, diretivas de processo, profiles, -params-file, ordem de precedência e inspeção da configuração resolvida.
3. nf-core na prática: O que é nf-core, nextflow pull, estrutura de um pipeline nf-core, perfil de teste e interpretação da execução.
4. Customização: Parâmetros vs. configuração, --help via schema, -params-file, arquivos de configuração personalizados com -c e o padrão-chave ext.args para passar argumentos extras às ferramentas.
5. Validação de entradas: Schemas de parâmetros e de samplesheet (nf-schema), debug de erros comuns antes de qualquer processo executar.
6. Módulos nf-core: Catálogo de módulos reutilizáveis, nf-core modules install/info/update e customização por ext.args.

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➡ Resultados de Aprendizagem

Ao final do curso, os alunos serão capazes de:

1. Entender a estrutura básica de um pipeline Nextflow (processos, canais, workflow, módulos, contêineres).
2. Executar pipelines nf-core prontos usando perfis de teste e produção.
3. Configurar a execução via params, -params-file e arquivos de configuração personalizados.
4. Personalizar recursos computacionais e argumentos de ferramentas usando o padrão ext.args.
5. Instalar e usar módulos do repositório nf-core em pipelines existentes.
6. Diagnosticar erros comuns a partir das mensagens de validação de schema e samplesheet.

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⚙ Requisitos de Software

Participantes devem ter um laptop com as ferramentas abaixo instaladas — ou usar o ambiente pré-configurado no GitHub Codespaces.

📦 Dependências principais

Categoria	Ferramenta	Versão mínima
Engine	Nextflow	25.10.2+
Contêineres	Docker (ou Singularity/Apptainer)	—
nf-core	nf-core tools	4.0.2+
Java	JDK (necessário para o Nextflow)	11+

Instalação rápida (Linux/macOS)

# 1. Java (pré-requisito do Nextflow) — use SDKMAN ou o gerenciador do seu sistema
curl -s https://get.sdkman.io | bash
sdk install java 17.0.10-tem

# 2. Nextflow
curl -s https://get.nextflow.io | bash
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
nextflow -version

# 3. Docker — siga o guia oficial para sua distribuição
# https://docs.docker.com/engine/install/

# 4. nf-core tools
pip install nf-core
nf-core --version

Alternativa sem instalação

Use o GitHub Codespace mantido pela Seqera — já vem com tudo pronto, incluindo VS Code no navegador.

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🙏 Agradecimentos

• Seqera Labs — desenvolvedores e mantenedores do Nextflow, cujo trabalho open source é a base de todo este material.
• Comunidade nf-core — pela curadoria colaborativa dos pipelines, módulos e configurações institucionais que tornam a bioinformática reprodutível acessível a todos.
• Nextflow Training — este minicurso é uma adaptação condensada do material oficial mantido pela Seqera e pela comunidade nf-core, com foco em uso e customização.
• Bioinformatics Multidisciplinary Environment (BioME - IMD/UFRN)
• Postgraduate Program in Bioinformatics (PPg-Bioinfo - UFRN)